Указом Президента Азербайджанской Республики № 512 от 29 декабря 2006 года была создана Государственная администрация гражданской авиации Азербайджанской Республики.  

А указом Президента Азербайджанской Республики от 12 января 2018 года «О некоторых мерах по усовершенствованию управления в сфере транспорта, связи и высоких технологий в Азербайджанской Республике» Администрация была включена в структуру Министерства транспорта, связи и высоких технологий Азербайджанской Республики как Государственное агентство гражданской авиации при Министерстве.

Агентство является центральным органом исполнительной власти, осуществляющим контроль, государственную политику и регулирование в сфере гражданской авиации.

Направления деятельности:

• принимает участие в формировании государственной политики в сфере гражданской авиации и обеспечивает осуществление данной политики;
• осуществляет контроль над безопасностью полетов гражданских воздушных судов, авиационной безопасностью и обеспечением охраны окружающей среды;
• в пределах своих полномочий осуществляет нормативное регулирование;
• осуществляет государственный контроль в сфере гражданской авиации;
• сотрудничает с международными организациями гражданской авиации, принимает участие в их работе, а также взаимодействует с авиационными администрациями зарубежных стран;
• осуществляет единую государственную политику по обеспечению пригодности гражданских воздушных судов к полетам;
• осуществляет в соответствии с национальными и международными требованиями обязательную сертификацию всех субъектов гражданской авиации Азербайджанской Республики, включая авиационную технику и оборудование;
• участвует в разработке правил, регулирующих использование воздушного пространства, правил полета гражданских воздушных судов в воздушном пространстве Азербайджанской Республики и иных нормативно-правовых актов;
• предоставляет разрешение воздушным судам иностранных государств на полеты в аэропорты гражданской авиации Азербайджанской Республики (на регулярной и нерегулярной основе);
• осуществляет инспекционные проверки деятельности субъектов гражданской авиации Азербайджанской Республики;
• формирует на конкурентной основе рынок авиаперевозок;
• принимает участие в расследовании авиационных происшествий (катастроф), произошедших с гражданскими воздушными судами;
• дает заключение по проектам законодательных актов в сфере гражданской авиации.