История становления автомобильного транспорта в Азербайджане приходится на начало XX века. В 1911 году в Азербайджане насчитывалось всего 36 автомобилей, а общая протяженность дорог с твердым покрытием составляла всего 210 км.
В 1920–1930-х годах в Азербайджане была заложена основа специализированного автомобильного парка для реализации технологических и специальных мер, в частности, в нефтяной промышленности.
В 1926 году автомобильный парк в республике насчитывал 896 автомобилей (275 легковых, 518 грузовых, 103 специализированных). Более 400 грузовых автомобилей находилось в распоряжении «АзНефти».
Расширение автомобильного парка способствовало повышению протяженности шоссейных дорог. В указанный период она составила 6500 км, при этом протяженность дорог союзного и республиканского значения составила 2300 км.
Одной из важнейших мер для удовлетворения транспортных потребностей промышленной, сельскохозяйственной, оборонной и других отраслей быстро развивающейся республики было создание мобильного автомобильного хозяйства.
В связи с этим в 1935–1936-х годах в республике был учрежден филиал автотранспортной организации «СоюзТранс», в составе которого функционировали автомобильные отряды по грузовым и пассажирским перевозкам.
В 1939 году был создан Народный автотранспортный комиссариат (при количестве автомобилей 600-800 единиц), в марте 1946 года – Министерство автомобильного транспорта.
Министерство автомобильного транспорта, динамично развиваясь, достигло пика своего развития в 1987–1990-х годах, когда при министерстве функционировали 140 автотранспортных, 9 промышленных и 11 строительных предприятий.
В феврале 1992 года был создан Государственный концерн «АзерАвтоНаглийят». Парк автотранспортных средств насчитывал 16000 единиц грузовых, 7600 единиц легковых (такси) автомобилей и 5800 автобусов.
В соответствии с программами приватизации государственного имущества в Азербайджанской Республике, с 1995 года началась приватизация транспортных предприятий почти все автотранспортные предприятия приватизированы.
Указом Президента Азербайджанской Республики от 10 июня 2003 года № 880 было утверждено положение о Министерстве транспорта. В соответствии с исполнением пункта 8 указа приказом Министерства транспорта за номером № 04 от 24 июня 2003 года был создан департамент «Автонаглийятсервис».
С целью регулирования и усовершенствования юридических и экономических отношений, возникающих между государственными органами, перевозчиками, владельцами инфраструктурных объектов и потребителями транспортных услуг в связи с оказанием услуг по перевозке пассажиров и грузов автомобильным транспортом, а также в связи с инфраструктурными объектами автомобильного транспорта 1 апреля 2008 года был принят «Закон Азербайджанской Республики об автомобильном транспорте». С целью обеспечения требований указа Президента Азербайджанской Республики от 4 июля 2008 года № 792 о применении данного Закона на основе ООО Департамент «Автонаглийятсервис» Министерства транспорта Азербайджанской Республики создана Государственная служба автомобильного транспорта Министерства транспорта Азербайджанской Республики. Указом Президента Азербайджанской Республики от 20 июля 2011 года номер № утверждено «Положение о Государственной службе автомобильного транспорта Министерства транспорта Азербайджанской Республики».
Указом Президента Азербайджанской Республики от 12 января 2018 года Государственная служба автомобильного транспорта включена в структуру Министерства транспорта, связи и высоких технологий.
Государственная служба автомобильного транспорта участвует в разработке государственной политики в сфере автомобильного транспорта и осуществлении правового регулирования в этой области, принимает меры в сфере развития пассажирских и грузовых перевозок автомобильным транспортом, контролирует выполнение международных норм и правил субъектами автомобильного транспорта, осуществляющими международные и внутренние перевозки пассажиров и грузов, а также соблюдение нормативно-правовых актов Азербайджанской Республики, обеспечивает организацию регулярных пассажирских перевозок автомобильным транспортом и формирование государственного заказа в этой области, принимает меры в установленном законодательством порядке для безопасного выполнения перевозок автомобильным транспортом на основе единых норм и правил, осуществляет деятельность по другим направлениям, определенным законодательством.
Согласно указу Президента Азербайджанской Республики Ильхама Алиева от 11 октября 2021 года «О некоторых мерах по совершенствованию управления в сфере автомобильного транспорта» на базе Государственной службы автомобильного транспорта при Министерстве транспорта, связи и высоких технологий Азербайджанской Республики, обществ с ограниченной ответственностью «Наглийят-Сервис», «Бакинское автотранспортное предприятие номер 1», «Бакинское автотранспортное предприятие номер 2», «Бакинское автотранспортное предприятие номер 3», «Гянджа Регионал Наглийят номер 1», «Губа Регионал Наглийят номер 2», «Ширван Регионал Наглийят номер 3», «Лянкяран Регионал Наглийят номер 4», «Евлах Регионал Наглийят номер 5», «Шеки Регионал Наглийят номер 6», «Гейчай Регионал Наглийят номер 7», «Сумгайыт Регионал Наглийят номер 8», «Уджар Регионал Наглийят номер 9», «Шамкир Регионал Наглийят номер 10», «Товуз Регионал Наглийят номер 11», «Бейляган Регионал Наглийят номер 12», «Джалилабад Регионал Наглийят номер 13», «Шамаха Регионал Наглийят номер 14», «Мингячевир Регионал Наглийят номер 15» в подчинении Государственной службы автомобильного транспорта при Министерстве транспорта, связи и высоких технологий Азербайджанской Республики, обществ с ограниченной ответственностью «Организация перевозок автомобильным транспортом» и «Транспортный учебно-образовательный центр» в подчинении Министерства транспорта, связи и высоких технологий Азербайджанской Республики, Сумгайытского управления пассажироперевозок автомобильным транспортом при главе Исполнительной власти города Сумгайыт и Гянджинского управления пассажироперевозок автомобильным транспортом при главе Исполнительной власти города Гянджа создано юридическое лицо публичного права «Азербайджанское агентство наземного транспорта» в подчинении Министерства цифрового развития и транспорта Азербайджанской Республики.
Юридическое лицо публичного права «Азербайджанское агентство наземного транспорта» осуществляет регулирование в области автомобильного транспорта, обеспечение потребностей в перевозках автомобильным транспортом и других автотранспортных услугах в Азербайджанской Республике, контроль за соблюдением правил и требований, касающихся международных и внутригосударственных пассажиро- и грузоперевозок, а также положений нормативно-правовых актов Азербайджанской Республики в этой области и международных договоров, участницей которых она является.