Государственная морская администрация создана распоряжением Президента Азербайджанской Республики № 697 от 21 апреля 2001 года.

Указом Президента Азербайджанской Республики от 12 января 2018 года «О некоторых мерах по усовершенствованию управления в сфере транспорта, связи и высоких технологий в Азербайджанской Республике» Администрация была включена в структуру Министерства транспорта, связи и высоких технологий Азербайджанской Республики как Государственное морское агентство при Министерстве.

Агентство является органом исполнительной власти, осуществляющим в установленном порядке государственную политику и регулирование в сфере морского транспорта на территории Азербайджанской Республики.

Азербайджанская Республика с 15 мая 1995 года является членом Международной морской организации (ММО). Государственное морское агентство тесно сотрудничает с ММО, принимает участие в заседаниях, советах и ассамблеях организации.

Направления деятельности:

– Осуществление портового контроля на территории Азербайджанской Республики и флагового контроля в отношении судов, плавающих под флагом Азербайджанской Республики;

– Организация системы безопасности морcкого плавания и контроль над правилами морского плавания на территории Азербайджанской Республики;

– Осуществление контроля за деятельностью лоцманских служб в мореплавании на территории Азербайджанской Республики;

– Организация режима плавания судов на территории Азербайджанской Республики и осуществление контроля над соблюдением этого режима;

– Принятие мер по охране человеческой жизни на море и морской среды в установленном законодательством порядке в пределах своих полномочий;

– Организация спасения утонувших в море плавательных средств (вместе с имуществом) в случаях и порядке, отнесенных к его полномочиям законодательством, осуществление необходимых мер для обеспечения его безопасности;

– Ведение в установленном законодательством порядке государственной регистрации и государственного реестра плавающих под флагом Азербайджанской Республики судов (за исключением маломерных судов), а также выдача корабельных документов;

– Регулирование в установленном законодательством порядке деятельности морского регистра Азербайджанской Республики, а также выдача разрешения на функционирование международных классификационных обществ в Азербайджанской Республике и контроль над их деятельностью;

– Принятие в установленном законодательством порядке необходимых мер для выдачи соответствующих документов, включая сигналы вызова судов, личные номера вызова радиостанции судна и идентификационные номера судовой станции спутниковой связи;

– Подготовка и утверждение в установленном законодательством порядке технических требований и правил содержания и эксплуатации судов;

– Разработка в установленном законодательством порядке проектов выдачи паспортов моряка и званий моряков и представление Кабинету Министров Азербайджанской Республики, выдача морякам удостоверений (дипломов) по специальностям и паспортов моряка;

– Выдача разрешения в установленном законодательством порядке на строительство объектов морского транспорта, включая порты, портовые пункты и грузоперевалочные терминалы;

– Принятие в пределах своих полномочий в установленном законодательством порядке необходимых мер для предотвращения попадания в море нефти и нефтепродуктов и других вредных веществ с кораблей и объектов независимо от формы собственности и национальной принадлежности (государственного флага);

– Поиск потерпевших крушение людей морскими и авиационными аварийно-спасательными службами Азербайджанской Республики и иностранных государств в секторе поисковой-спасательной ответственности Каспийского моря Азербайджанской Республики и принятие участия в реализации необходимых мер по их спасению в пределах своих полномочий в установленном законодательством порядке;  

– Принятие участия в установленном законодательством порядке в организации криптографической связи с суднами и другими объектами морского транспорта.