Согласно Указу Президента Азербайджанской Республики Ильхама Алиева № 325 от 6 ноября 2018 года, на базе Государственного фонда развития информационных технологий и Общества с ограниченной ответственностью «Парк высоких технологий», находящихся в подчинении Министерства транспорта, связи и высоких технологий Азербайджанской Республики, в подчинении министерства создано Агентство по инновациям.  

Агентство по инновациям оказывает содействие местным предпринимателям в приобретении современных технологий и технологических решений и организует их трансфер, поддерживает научные исследования инновационной направленности, поощряет инновативные проекты, в том числе стартапы, финансирует их посредством грантов, льготных кредитов, а также венчурного финансирования.

Основной задачей агентства является создание современных комплексов по устойчивому развитию сектора ИКТ и повышению конкурентоспособности, расширению сфер инноваций и высоких технологий на основе современных научно-технических достижений, проведению научных исследований, разработке новых технологий.

Развитие высокотехнологичной экономики за счет благоприятных условий в Азербайджане и регионе, выражающихся в экономических льготах, бизнес-услугах и передовом оборудовании, является основной миссией агентства.

Цель Агентства по инновациям заключается в продвижении производства инновационных и высокотехнологичных продуктов и услуг под брендом Made in Azerbaijan, а также создании условий для выхода существующих местных брендов на международную арену, определении целевых продуктов и услуг цифровой трансформации, поддержке решений, основанных на роботизированных и облачных технологиях, обработке объемных данных и искусственном интеллекте.

С целью поддержки идей молодежи, формирования базы инновационных идей, а также подготовки, разработки и улучшения инновационной продукции и высоких технологий в агентстве действует Центр бизнес-инкубации и акселерации, который  работает круглосуточно 7 дней в неделю.

В Агентстве по инновациям также создана лаборатория для поддержки разработки первых прототипов стартапов.

Агентством проводятся курсы по инженерии и программированию, тренинги по дата-аналитике и бухгалтерии.

Агентство по инновациям способствует участию работающих в стране авторов стартап-проектов в международных инвестиционных стартап-мероприятиях, выставках, конференциях и фестивалях, а также выдает гранты на поездку с целью проведения встреч с иностранными инвесторами.